内蒙古基本公共卫生服务绩效考核坚持整体评价、分层属地管理、考核结果与经费补助和改进服务相挂钩的原则。建立自治区考核盟市，盟市考核旗县，旗县考核基层医疗卫生单位制度，自治区每年考核一次、盟市每年综合考核监督2次，旗县全面考核指导3次，每年2月底截止。考核采取定量和定性相结合、全面与重点考相结合、日常与定期相结合、单项与综合相结合、机构与服务相结合的方式进行，实行百分制，其中，基本公共卫生服务项目占70分，组织管理和城乡居民满意度各占15分。

    此外，自治区对考核结果达到80分以上的盟市和所属旗县，全额拨付补助资金；对80分以下的，按考评得分比核拨补助资金，结余资金用于奖励基本公共卫生服务考评得分前三名盟市经济不发达的旗县。并将考核结果作为各地财政、卫生核拨基本公共卫生服务补助资金和被考核单位年度考核、任免，人员奖惩及核定绩效工资的主要依据